Общее руководство Воронежским филиалом РАНХиГС осуществляет выборный представительный орган — Ученый совет.
В состав Ученого совета по должности входят директор, который является председателем совета, заместители директора. Другие члены ученого совета избираются собранием научных, педагогических работников, представителей других категорий работников и обучающихся в Воронежском филиале РАНХиГС.
Состав Ученого совета Воронежского филиала РАНХиГС утверждается Ученым советом РАНХиГС и объявляется приказом ректора на основании протокола собрания. Срок полномочий Ученого совета составляет 5 лет.